(1)重复征税
现行增值税征税范围只包括销售货物和进口货物以及提供加工修理修配劳务,对一般劳务仍课征营业税, 从而使购进一般劳务的增值税的纳税人存在重复征税现象, 加重纳税人负担。如按目前的税收政策规定, 运输收人按征收营业税, 而运费又是购货方进货成本的重要组成部分, 由于营业税不能抵扣, 重复征税不可避免, 增加了纳税人的负担。对运费占成本比重大的企业, 重复征税更为突出。虽然一般纳税人购进货物所付运费可按的扣除率计算进项税额予以抵扣, 但是抵扣不彻底, 重复征税难以完全消除。
(2)税收负担不公平
由于商品和劳务流转过程中增值税、营业税并存, 造成了不同行业间税收负担的不公平。因为增值税是对商品和劳务流转过程中的增值额课征的税收, 税收负担前后一致, 每一种商品, 不沦经过多少生产和流通环节, 只要增值额相同, 税收负担就相同, 从而能够使企业在公平税负的签础上开展竟争。营业税是以营业额为课税依据, 不具备增值税的上述特点。由于两个税种都在商品流转环节并存, 而两者的税率、计税依据、计算方式等各不相同, 为此税负必定产生差异, 使两税的纳税人税负不公此外, 在增值税内部, 对于混合销售行为, 某些情况下征收增值税, 某些情况下征收营业税, 造成了同一经济行为, 因纳税主体不同, 致使适用的税种、课税依据和税率各异, 从而造成了企业间税负的不平衡。
(3)增值税链条不完整
交通运输、建筑安装、不动产销售、无形资产转让等服务性行业没有纳人增值税范国, 实质上是对增值税课税体系完整链条的人为荆裂, 造成了增值税链条不完整。当增值税已税行为进人到下一环节的营业税征收范围时, 已征收的增值税得不到抵扣, 使增值税的链条还没有到达最终消费就发生中途断裂相反, 营业税的已税行为进到下一个环节的增值税征收范围时, 已纳的营业税得不到抵扣, 使链条不完整。譬如货物运输是货物生产流通的中介环节, 是完成后续生产过程所必需的,在这个环节上不征增植税, 很显然不利于增值税完整链条的铸造
(4)税种确认不易
对混合销售行为和兼营应税劳务行为如何征税, 尽管从税收政策、制度上作了界定, 但在基层实际征收工作中, 税务人员要具体确定某种应税行为究竟是征收增值税, 还是征营业税困难很大。如对娱乐业征收营业税, 对娱乐业提供给顾客的各种饮品却又要征增值税, 实际工作中要把两种收人分开很难不仅造成了税种界定困难, 不能准确执行税法, 还造成了国税地税间的矛盾, 影响增值税的规范操作, 在建筑安装、邮电通信等行业中也存在此类问题。
(5)税收征管难度大
增值税是以专用发票为依据层层抵扣, 以铸造完整链条, 但是由于大多数服务性行业未纳人增值税范围, 使链条环节脱落, 漏洞大开。比如, 建筑安装业不征增值税而征营业税, 不使用增值税发票,这样就破坏了对建筑材料生产销售企业增值税专用发票双向稽核的条件, 加大了税务机关反偷税的难度, 造成了建筑材料业大量偷逃增值税, 税收流失较为严重此外, 运输行业征收营业税, 使用普通发票, 为了减轻重复征税, 又规定运输发票可按发票金额的抵扣增值税, 这样普通发票进人了专用发票的链条, 又涉及到国税地税两个管理机关, 也不具备双向稽核的条件, 造成了征管盲点, 为偷逃税提供了机会。